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通過GDCRNATools下載TCGA數據的時報錯怎么辦

發布時間:2021-12-07 15:00:13 來源:億速云 閱讀:379 作者:iii 欄目:大數據

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TCGA 數據下載

通過GDCRNATools下載TCGA數據的時候出現了以下的報錯:

通過GDCRNATools下載TCGA數據的時報錯怎么辦

gdc-client軟件安裝和配置

  1. 下載軟件地址:https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool,根據自己的操作系統下載對應的版本,這里下載Mac版本。

  2. 通過GDCRNATools下載TCGA數據的時報錯怎么辦

  3. 將下載的軟件解壓,并放在一個自己好找的目錄,例如我放在了Documents/TCGA數據下載中

 

下載數據

  1. 在GDC官網:https://portal.gdc.cancer.gov 中找到自己所需要的數據,比如HNSC的miRNA數據。然后下載Manifest到剛剛軟件放置的目錄
  2. 先點擊Exploration,然后在左側選取需要的癌癥類型和項目,選好后點擊View Files in Repository

通過GDCRNATools下載TCGA數據的時報錯怎么辦

然后就會跳轉到Repository頁面,可以在這里進一步篩選所需要的數據。選擇好之后點擊Add All Files to Cart, 然后可以在右上角的cart中看到添加了多少個文件。如果不要下載其他的數據了,就可以直接點擊Manifest,下載到Documents/TCGA數據下載中。

通過GDCRNATools下載TCGA數據的時報錯怎么辦然后打開終端,在終端輸入     ./gdc-client download -m gdc_manifest.2020-08-11.txt -d ./HNSC/ 就開始下載啦~

到此,關于“通過GDCRNATools下載TCGA數據的時報錯怎么辦”的學習就結束了,希望能夠解決大家的疑惑。理論與實踐的搭配能更好的幫助大家學習,快去試試吧!若想繼續學習更多相關知識,請繼續關注億速云網站,小編會繼續努力為大家帶來更多實用的文章!

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