lncRNA功能預測原理是什么

今天就跟大家聊聊有關lncRNA功能預測原理是什么，可能很多人都不太了解，為了讓大家更加了解，小編給大家總結了以下內容，希望大家根據這篇文章可以有所收獲。

我們在基因研究的時候，需要提前預測這個基因的功能是什么。編碼基因可以通過其基因的蛋白結構來預測到主要功能是什么。但是對于長鏈非編碼RNA(lncRNA)的功能，由于其不編碼蛋白。這樣功能預測的就不適用了。那么對于一個lncRNA要怎么預測其功能呢。

lncRNA功能預測原理

隨著二代測序和基因芯片的出現，對于我們可以一次性獲得一個樣本所有的基因表達情況。雖然我們沒辦法知道lncRNA的功能預測。但是我們可以通過測序數據進行統計分析得到和這個lncRNA相關的編碼基因有哪些。進而對這些相關的編碼基因進行富集分析預測。就可以間接的了解這個lncRNA是什么功能了。

Co-LncRNA

Co-LncRNA(http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/Co-LncRNA/)就是這么一個基于以上想法的數據庫。這個數據庫搜集了很多相關疾病的測序數據。通過目標數據庫我們就可以通過分析得到目標lncRNA的相互作用基因有哪些。進而可以獲得主要調控的通路什么的。

這個數據庫包括多個功能：

CEGs:查詢一個基因的可能相互作用基因

通過這個功能，我們可以查詢基因可能相互作用的基因有哪些。我們需要做的就是選擇相關的數據。然后輸入目標基因即可。

輸入完成之后 我們就可以得到和這個基因相互作用的基因了。

CEGsFuncs: 共表達基因的富集分析

????的功能是尋找共表達基因，這個功能就是相關的共表達基因進行富集分析。這里我們可以輸入一個lncRNA，也可以好幾個lncRNA。然后就可以得到相關基因的富集分析結果

其中另外一個功能: merge CEGsFuncs是一個可以融合多個數據集進行共表達分析富集的功能。但是也是只能選擇三個數據集進行分析

CEGsNet: lncRNA共表達分析網絡

對于目標lncRNA，之前我們只能看到相關的表格。這個是可以用網絡的格式呈現的。雖然不好看吧。但是也是可以看一下的。

數據庫總結:

這個數據庫在檢索的時候好像沒有提供下載結果的功能。但是在最后提供了下載所有結果的功能，如果想要預測結果可以下載所有結果，自己按照條件篩選即可。這樣就可以得到共表達的基因了。如果還想要富集分析的結果，那把基因放到別的數據庫就可以了。比如[數據庫介紹]g:profiler 多ID富集分析這個就可以做富集分析。

看完上述內容，你們對lncRNA功能預測原理是什么有進一步的了解嗎？如果還想了解更多知識或者相關內容，請關注億速云行業資訊頻道，感謝大家的支持。