自動化運行OrthoMCL的方法

這篇文章主要介紹“自動化運行OrthoMCL的方法”，在日常操作中，相信很多人在自動化運行OrthoMCL的方法問題上存在疑惑，小編查閱了各式資料，整理出簡單好用的操作方法，希望對大家解答”自動化運行OrthoMCL的方法”的疑惑有所幫助！接下來，請跟著小編一起來學習吧！

安裝OrthoMCL Pipeline

直接去github下載zip安裝包，或者直接使用git命令下載

git clone https://github.com/apetkau/orthomcl-pipeline.git

安裝perl依賴包

使用cpan或者cpanm安裝依賴包

$ cpanm BioPerl DBD::mysql DBI Parallel::ForkManager YAML::Tiny Set::Scalar Text::Table Exception::Class Test::Most Test::Warn Test::Exception Test::Deep Moose SVG Algorithm::Combinatorics

安裝blast，MCL及OrthoMCL

安裝好2.2.26版本的BLAST (blastall, formatdb, 不是blast+, 更舊的版本可能不會正確運行)
下載編譯安裝MCL
下載編譯安裝OrthoMCL
確保blastall, formatdb, MCl和OrthoMCL都加入了環境變量

檢查依賴的軟件是否安裝齊全

出現下面的提示則安裝齊全了

$ perl scripts/orthomcl-pipeline-setup.pl
Checking for Software dependencies...
Checking for OthoMCL ... OK
Checking for formatdb ... OK
Checking for blastall ... OK
Checking for mcl ... OK
Wrote new configuration to orthomcl-pipeline/scripts/../etc/orthomcl-pipeline.conf
Wrote executable file to orthomcl-pipeline/scripts/../bin/orthomcl-pipeline
Please add directory orthomcl-pipeline/scripts/../bin to PATH

Orthomcl-pipeline配置文件

配置文件在orthomcl-pipeline-installed-path/etc/orthomcl-pipeline.conf

blast:
  F: 'm S'
  b: 100000
  e: 1e-5
  v: 100000
filter:
  max_percent_stop: 20
  min_length: 10
mcl:
  inflation: 1.5
path:
  blastall: '/usr/bin/blastall'
  formatdb: '/usr/bin/formatdb'
  mcl: '/usr/local/bin/mcl'
  orthomcl: '/home/aaron/software/orthomcl/bin'
scheduler: fork
split: 4

根據計算資源可以把split改為合適的數字，split類似于運行的線程數

配置數據庫

需要安裝好MySQL數據庫
1. 如果之前已經創建過orthomcl數據庫，可以用下面的perl腳本進行配置

$ perl scripts/orthomcl-setup-database.pl --user orthomcl --password orthomcl --host localhost --database orthomcl --outfile orthomcl.conf --no-create-database
Connecting to database orthmcl on host orthodb with user orthomcl ...OK
Config file **orthomcl.conf** created.

2. 如果之前沒有配置過orthomcl數據庫，需要先以root運行mysql，創建orthomcl用戶

$ mysql -u root -p
Enter password:
mysql> GRANT SELECT, INSERT, UPDATE, DELETE, CREATE, CREATE VIEW, INDEX, DROP on *.* to orthomcl;  #創建用戶并授權
mysql> set password for orthomcl@localhost = password('orthomcl');  #設置用戶密碼
mysql> quit;

當用戶創建后，再用perl腳本配置

$ perl scripts/orthomcl-setup-database.pl --user orthomcl --password orthomcl --host localhost --database orthomcl --outfile orthomcl.conf
Connecting to mysql and creating database **orthmcldb** on host orthodb with user orthomcl ...OK
database orthmcl created ...OK
Config file **orthomcl.conf** created.

腳本會生成orthomcl.conf文件，這個文件之后就不用坐任何修改了。

測試

$ perl t/test_pipeline.pl -m orthomcl.conf -s fork -t /tmp
Test using scheduler fork

TESTING NON-COMPLIANT INPUT
TESTING FULL PIPELINE RUN 3
README:
Tests case of one gene (in 1.fasta and 2.fasta) not present in other files.
ok 1 - Expected matched returned groups file
...

出現上面的信息說明安裝成功了！！！

運行

$ ./bin/orthomcl-pipeline
Error: no input-dir definedUsage: orthomcl-pipeline -i [input dir] -o [output dir] -m [orthmcl config] [Options]
...

可以加上—nocompliant就可以不顯示沒必要的提示信息了

$ ./bin/orthomcl-pipeline -i ~/test_data/zbl -o ~/test_data/zbl-out -m orthomcl.conf --nocompliant

zbl文件夾里面放入fasta格式的蛋白序列文件，一個基因組一個文件，例如genome1.fasta, genome2.fasta, 文件后綴名必需是.fasta。zbl-out文件夾里面是所有的結果，包括聚類完成的groups文件，orthologs文件，inparalogs文件以及coorthologs文件。

到此，關于“自動化運行OrthoMCL的方法”的學習就結束了，希望能夠解決大家的疑惑。理論與實踐的搭配能更好的幫助大家學習，快去試試吧！若想繼續學習更多相關知識，請繼續關注億速云網站，小編會繼續努力為大家帶來更多實用的文章！