如何利用R語言的ggplot包繪制火山圖

這篇文章將為大家詳細講解有關如何利用R語言的ggplot包繪制火山圖，小編覺得挺實用的，因此分享給大家做個參考，希望大家閱讀完這篇文章后可以有所收獲。

火山（Volcano Plot）圖在一張圖中顯示了兩個重要的指標（Fold change/pvalue），可以非常直觀且合理地篩選出在兩樣本間發生差異表達的基因。檢驗分析出兩樣本間顯著差異表達的基因后，以log2（fold change）為橫坐標，以T檢驗顯著性檢驗P值的負對數-log10（pvalue）為縱坐標，即可得火山圖（Volcano Plot）。

> install.packages("ggplot2")

> library(ggplot2)

> R0_vs_R3_isoforms_fitter <- read_excel("~/Downloads/R0-vs-R3.isoforms.fitter.xlsx")

> data <- R0_vs_R3_isoforms_fitter

> r03 <-ggplot(data,aes(log2FC,-1*log10(FDR)))

> r03 + geom_point()

運行過程數據及圖片：

改變點的顏色：

> r03 + geom_point(color="red")

> r03 + geom_point(aes(color="red"))

> r03 + geom_point(aes(color=significant))

設置標題，坐標軸范圍

>r03+geom_point(aes(color=significant))+xlim(-4,4)+ylim(0,30)

>r03xy=r03+geom_point(aes(color=significant))+xlim(-4,4)+ylim(0,30)

> r03xy + labs(title="Volcano plot",x="log2(FC)")

> r03xy + labs(title="Volcanoplot",x=expression(log[2](FC),y=expression(-log[10](FDR))))

自定義顏色

> r03xy + labs(title="Volcanoplot",x=expression(log[2](FC),y=expression(-log[10](FDR))))

> r03xyc = r03xy+labs(title="Volcanoplot",x=expression(log[2](FC)), y=expression(-log[10](FDR)))

> r03xyc + scale_color_manual(values =c("green","black", "red"))

>r03xyc + scale_color_manual(values =c("green","blue", "red"))

> volcano = r03xyc +scale_color_manual(values = c("green","blue","red"))

>volcano+geom_hline(yintercept=1.3)+geom_vline(xintercept=c(-1,1))

>volcano+geom_hline(yintercept=1.3,linetype=4)+geom_vline(xintercept=c(-1,1),linetype=4)

保存圖片:

>ggsave("volcano.png")

>ggsave("volcano8.png",volcano,width=8,height=8)

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