溫馨提示×
您好，登錄后才能下訂單哦！
點擊 登錄注冊 即表示同意《億速云用戶服務條款》
您好，登錄后才能下訂單哦！
小編給大家分享一下Hi-C Data Browser瀏覽器的示例分析，相信大部分人都還不怎么了解，因此分享這篇文章給大家參考一下，希望大家閱讀完這篇文章后大有收獲，下面讓我們一起去了解一下吧！
Lieberman-Aiden等人利用Hi-C技術研究了人淋巴母細胞的三維結構，首次提出了A/B compartment的概念。
pubmed的鏈接如下
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2858594/
對于該文章中涉及到的hi-c數據，專門開發了一個網站用于檢索和查看，網址如下
http://hic.umassmed.edu/heatmap/heatmap.php
通過頂部下拉框，選擇不同的數據庫進行查看，示意如下
cell line用于選擇細胞系，提供了K562和GM06690兩種細胞系的數據，x-axis和y-axis用于選擇需要展示的染色體名稱，Resolution指定分辨率，Data Type指定數據類型，是歸一化之后的數據還是原始數據，或者是相關性的結果，Color Range指定顏色的映射范圍，選擇好數據之后，點擊View窗口可以查看某兩條染色體間的相互作用圖譜。
通過這個功能，可以方便的比較不同觀測值的hi-c圖譜情況，1號染色質內部的互作圖譜示意如下
通過鼠標左鍵單擊，選中某個交互矩陣的單元格，在右側界面可以查看對應的兩個bin之間的詳細信息，示意如下
也可以鼠標左鍵拖出一個矩形區域，通過zoom放大后進行查看, 或者輸入基因組區域進行放大， 示意如下
放大之后的效果如下所示
對應的交互矩陣可以通過Download按鈕進行下載，通過該網站，可以對文章中的hi-c數據進行詳細探究。
以上是“Hi-C Data Browser瀏覽器的示例分析”這篇文章的所有內容，感謝各位的閱讀！相信大家都有了一定的了解，希望分享的內容對大家有所幫助，如果還想學習更多知識，歡迎關注億速云行業資訊頻道！
免責聲明：本站發布的內容（圖片、視頻和文字）以原創、轉載和分享為主，文章觀點不代表本網站立場，如果涉及侵權請聯系站長郵箱：is@yisu.com進行舉報，并提供相關證據，一經查實，將立刻刪除涉嫌侵權內容。
