Juicer軟件的安裝方法

本篇內容主要講解“Juicer軟件的安裝方法”，感興趣的朋友不妨來看看。本文介紹的方法操作簡單快捷，實用性強。下面就讓小編來帶大家學習“Juicer軟件的安裝方法”吧!

軟件安裝是生物信息實戰中最基礎的技能之一，只有確保軟件安裝無誤，后續使用起來才會得心應手，不會有很多的bug。juicer軟件提供了Hi-C數據一鍵化分析的pipeline, 這樣高度的封裝使得用戶操作起來更加簡便，當然分析能力強大的同時其依賴的軟件就會越多，安裝過程的復雜程度也會有所提高，本文主要記錄下該軟件的安裝過程，可以分為以下幾個步驟

1. 安裝依賴軟件

juicer核心采用java語言進行開發，同時內置了perl, python, bash等開發的腳手架腳本。在序列比對環節使用了bwa軟件，而后續操作比對產生的bam文件，會用到samtools軟件。所以需要安裝以下軟件

1. java

2. perl

3. python

4. GNU utils

5. bwa

6. samtools

   
   

這些軟件是生信領域的基本軟件，其安裝過程就不詳細展開了。

2. 建立目錄結構

juicer軟件要求一個固定的目錄結構，新建一個名為juicer的目錄，該目錄即為軟件的安裝目錄，在該目錄下必須有以下4個子目錄

references目錄用于存放參考基因組相關文件，work用于存放樣本的序列文件和分析結果，scripts用于存放軟件運行所需的腳本，restriction_sites用于存放參考基因組酶切圖譜。

3. 下載juicer源代碼

從github上下載juicer和jcuda的源代碼，放置到scripts目錄下。juicer可以在單機或者集群系統上運行，其中間腳本也對應了不同的系統，示意如下

其中的CPU目錄就是單機服務器，而AWS, LSF, PBS等對應公有云和不同的集群系統。以CPU為例，下載過程如下

# 下載源代碼
git clone https://github.com/aidenlab/juicer.git
# 重命名為scripts目錄
ln -s juicer/CPU scripts
cd scripts/common
wget https://hicfiles.tc4ga.com/public/juicer/juicer_tools.1.9.9_jcuda.0.8.jar
ln -s juicer_tools.1.9.9_jcuda.0.8.jar  juicer_tools.jar

4. 準備參考基因組文件

在reference目錄下為參考基因組相關文件，其實就是對應的fasta序列文件和bwa 索引，示意如下

hg19.fasta
hg19.fasta.sa
hg19.fasta.ann
hg19.fasta.amb
hg19.fasta.pac
hg19.fasta.bwt

自己根據需要從UCSC,NCBI等數據庫中下載基因組fasta文件，并用bwa建立索引就可以了。

在restriction_sites目錄下參考基因組酶切圖譜，通過jucier內置的generate_site_positions.py腳本可以產生，該腳本位于源代碼中的misc目錄下，支持直接輸出以下4種內切酶的酶切圖譜

1. HindIII

2. DpnII

3. MboI

4. Sau3AI

   
   

用法如下

generate_site_positions.py HindIII hg19  hg19.fasta

第一個參數為內切酶的名稱，第二個參數為自定義的基因組版本，第三個參數為基因組fasta文件的路徑，輸出文件的名稱為第二個參數和第一個參數用下劃線鏈接，后綴為txt, 上述代碼的輸出文件為

hg19_HindIII.txt

5. 準備樣本的fastq序列

執行完前4步軟件就已經安裝好了，軟件運行時對樣本文件的存放位置也有要求，必須位于work目錄下，以樣本名作為一個子目錄，序列文件存放于fastq目錄下，示意如下

/opt/juicer/work/MBR19/fastq
/opt/juicer/work/MBR19/fastq/chr19_R1.fastq.gz
/opt/juicer/work/MBR19/fastq/chr19_R2.fastq.gz

關于安裝成功后的目錄結構，可以參考以下鏈接

https://bcm.app.box.com/v/juicerawsmirror/folder/11284128669

juicer的安裝過程算不上復雜，就是注意事項有很多，操作起來較為繁瑣，只需要按照以上步驟耐心操作，還是可以快速安裝成功的。

到此，相信大家對“Juicer軟件的安裝方法”有了更深的了解，不妨來實際操作一番吧！這里是億速云網站，更多相關內容可以進入相關頻道進行查詢，關注我們，繼續學習！