Promoter Capture Hi-C工具有什么用

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Hi-C文庫一次可以獲取全基因組范圍內互作的染色質片段，可以從全基因組的高度來研究染色質的空間結構特征。在Hi-C圖譜中，染色質互作頻率通過兩個bin之間junction reads的數量來表示，和測序深度的概念類似，只有達到一定量的測序深度時才能夠認為其代表的染色質互作信息是可靠的。

通常情況下，可以用于構建Hi-C圖譜的有效reads的比例在50%左右，這樣的一個利用率就要求原始的測序量相比其他組學要更多。

同時對于Hi-C圖譜又有一個分辨率的說法，不同分辨率用于分析和識別不同層級的染色質結構，目前一個常用的說法是只有保證80%的bin之間的junction reads的個數在1000以上時，才表明數據適用于bin長度對應的分辨率。

目前測序深度和分辨率之間并沒有一個明確的對應關系，根據經驗值，測序深度在100X時，分辨率可以得到40kb左右，這樣的一個分辨率也僅僅能達到TAD分析的要求，25kb和5kb分辨率對于測序深度的要求就更高了。

實驗有效率和數據分辨率的要求都使得Hi-C文庫的測序量必須非常的大，這樣僅僅測序成本就非常的高了。

如果僅僅只是分析部分染色質片段之間的互作，最經典的莫過于研究promoter與其他染色質片段的互作，比如研究enhancer-promoter的互作，此時利用全基因組的Hi-C文庫代價太大，而傳統的3C,4C又無法滿足要求。基于這樣的一個需求驅動，Promoter Capture Hi-C技術應用而生。

Capture Hi-C技術就是在傳統Hi-C文庫的基礎上，新增了一個捕獲的過程，捕獲目的片段用于后續的測序。Hi-C和Capture Hi-C的關系就好比全基因組測序和全外顯子測序，Hi-C可以得到更加全面的信息，但是代價高昂，而Capture Hi-C只針對目標區域進行研究，同樣的測序成本可以達到更高的測序深度，信息更加可靠，更加經濟適用。

Promoter Capture Hi-C的文庫構建示意如下

核心就是在Hi-C文庫之后，用設計的探針捕獲promoter相關的reads,然后在進行測序。在測序深度足夠的情況下，可以直接得到啟動子區與其他染色質片段互作的可靠信息。

如果只想通過Hi-C技術來研究啟動子的互作，Promoter Capture Hi-C無疑是更好的選擇。

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