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本篇文章給大家分享的是有關如何進行A/B compartment:染色質區室分析，小編覺得挺實用的，因此分享給大家學習，希望大家閱讀完這篇文章后可以有所收獲，話不多說，跟著小編一起來看看吧。
Hi-C技術的出現推動了三維基因組學的發展，利用Hi-C技術，科學家不僅證實了染色質疆域的存在，而且進一步發現了更多染色質的三維特征。
Lieberman-Aiden等人利用Hi-C技術研究了人淋巴母細胞的三維結構，首次提出了A/B compartment的概念，
構建1Mb分辨率下的基因組互作圖譜，然后采用Oberved/Expected的算法對交互矩陣進行歸一化，對歸一化之后的矩陣計算泊松相關系數，矩陣對應的熱圖示意如下
在歸一化后的交互矩陣熱圖中，藍色代表觀測到的交互頻率小于期望的交互頻率，紅色代表觀測到的交互頻率大于期望的交互頻率。在相關系數矩陣的熱圖中，相關系數從-1到1，顏色從藍色過渡到紅色。
對相關系數矩陣進行PCA降維分析，在第一主成分PC1軸上，可以將染色質區域明確分成兩個部分，稱之為A/B compartment。對應下圖Eigenvector正負兩個部分
通過對正負區域對應的基因表達量，組蛋白修飾，DNase酶超敏位點情況研究發現，發現在正數區域，包含的基因較多，對應的基因表達量相對較高，H3K36me3和DNA超敏位點的信號也相對較高，這些特征都表明這些區域是更加開放的，可接近的，轉錄激活的區域，將這個區域定義為A compartment, 對應開放染色質區域；而負數對應區域包含的基因個數較少，含量也低，將其定義為B compartment, 對應封閉染色質區域。
以上就是如何進行A/B compartment:染色質區室分析，小編相信有部分知識點可能是我們日常工作會見到或用到的。希望你能通過這篇文章學到更多知識。更多詳情敬請關注億速云行業資訊頻道。
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