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本篇文章給大家分享的是有關怎么分析ENCODE project，小編覺得挺實用的，因此分享給大家學習，希望大家閱讀完這篇文章后可以有所收獲，話不多說，跟著小編一起來看看吧。
ENCODE是Encyclopedia of DNA Elements的縮寫，是由美國人類基因組研究中心NHGRI贊助的一項國際化的合作項目，通過整合DNA, RNA，蛋白質，表觀修飾等多個層次的數據，旨在建立一個全面的人類基因組數據研究的數據庫。
如下圖所示，整合了不同組學的數據
隨著不斷發展，后來又陸續整合了modENCODE等多個項目的數據，對數據庫進一步擴充，增加了小鼠，果蠅，線蟲等數據。該項目的所有數據可以通過以下鏈接進行查詢
https://www.encodeproject.org/
點擊Data->Matrix按鈕，可以看到如下所示的結果，在左側的篩選框可以根據多種條件進行篩選
篩選完成后，點擊右側矩陣中的數字，可以查看篩選到的數據集。以轉錄因子CTCF的chip_seq數據為例，結果如下
對于每個數據集，提供了以下結果
給出了數據類型，樣本對應的細胞系和組織類型，測序平臺等基本信息，示意如下
提供了該數據集所用的分析流程的描述文檔，示意如下
包含了測序的原始序列和分析的結果文件，可以下載，示意如下
ENCODE不僅僅是一個公共數據庫，除了提供數據檢索和查詢服務，還提供了不同組學數據分析的標準pipeline和各種質控標準以供參考。
利用ENCODE,我們可以開展基于公共數據庫的數據挖掘，也可以參考其pipeline進行數據分析。
以上就是怎么分析ENCODE project，小編相信有部分知識點可能是我們日常工作會見到或用到的。希望你能通過這篇文章學到更多知識。更多詳情敬請關注億速云行業資訊頻道。
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