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如何使用motif分析的綜合性工具MEME，很多新手對此不是很清楚，為了幫助大家解決這個難題，下面小編將為大家詳細講解，有這方面需求的人可以來學習下，希望你能有所收獲。
MEME是一個motif分析的工具箱，提供了多種相關工具，
根據分析目的和功能，將相關工具劃分成了以下4大類別
這部分工具用于預測輸入序列上的motif信息，支持DNA，RNA或者蛋白序列，對應的功能稱之為de novo motif discovery,包含的工具列表如下
MEME
DREME
MEME-ChIP
GLAM2
MoMo
常見的應用場景是根據chip_seq等數據獲取到的peak序列，挖掘這些序列中存在的模式特征。以MEME為例，輸出結果示意如下
這部分工具用于分析已知的motif在輸入序列上的富集情況，包含的工具列表如下
CentriMo
AME
SpaMo
GOMo
常見的應用場景是根據ATAC_seq的peak序列，分析在這些序列中出現富集的已知motif。以CentriMo為例，輸出結果示意如下
這部分工具用于分析輸入序列上可能的motif出現的位置，包含的工具列表如下
FIMO
MAST
MCAST
GLAM2SCan
常見的應用場景是根據轉錄因子的motif，分析在某個基因的啟動子區序列上是否存在對應的結合位點。以FIMO為例，輸出結果示意如下
這部分工具用于比較不同motif之間的相似性，包含了Tomtom這個工具。motif既包含了一致性序列，也包含了PFM矩陣信息，借助這個工具，可以有效的判斷兩個motif之間的相似性。經典的應用場景是將分析到的de novo motif與已知的motif數據庫進行分析比對，查找相似的motif, 輸出結果示意如下
MEME同時提供了在線版和本地版，功能強大的同時使用方式也較為簡單，是motif分析的利器。
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