ceRNA數據庫的簡單介紹

這篇文章主要介紹“ceRNA數據庫的簡單介紹”，在日常操作中，相信很多人在ceRNA數據庫的簡單介紹問題上存在疑惑，小編查閱了各式資料，整理出簡單好用的操作方法，希望對大家解答”ceRNA數據庫的簡單介紹”的疑惑有所幫助！接下來，請跟著小編一起來學習吧！

在ceRNA調控網絡中，miRNA起到了橋梁的作用，通過和各種RNA分子結合，從而介導該調控機制的發生。starBase數據庫提供了miRNA和各種RNA分子的相互作用信息，并在此基礎上構建了ceRNA網絡，網址如下

http://starbase.sysu.edu.cn/index.php

該數據庫提供了以下幾種類型的信息

1. miRNA target

2. RNA-RNA相互作用

3. ceRNA調控網絡

4. RNA和蛋白的結合信息

   
   

根據研究方法的不同，對應5個不同的導航欄菜單

1. miRNA target

首先通過GEO數據庫下載AGO蛋白的CLIP-seq測序結果，進行peak calling分析得到miRNA結合位點, 再利用targetscan等多款軟件的預測結果，與CLIP數據分析結果取交集，得到最終的miRNA結合位置信息，從而確定miRNA和其他RNA分子之間的相互作用信息。

通過導航欄的miRNA target菜單，可以查看以下4種類型的miRNA靶標信息

1. miRNA-mRNA

2. miRNA-lncRNA

3. miRNA-circRNA

4. miRNA-pseudogene

5. miRNA-sncRNA

   
   

結果示意如下

2. Degradome-RNA

通過GEO數據庫中的降解組測序數據分析miRNA的靶標信息，結果示意如下

3. RNA-RNA

從GEO數據庫中下載LIGR-seq等研究RNA-RNA相互作用的測序數據，分析得到RNA分子之間的相互作用信息，通過導航欄的RNA-RNA菜單，可以查看以下4種類型的RNA分子互作信息

1. miRNA-RNA

2. mRNA-RNA

3. lncRNA-RNA

4. pseudigene-RNA

5. sncRNA-RNA

   
   

檢索結果示意如下

4. ceRNA network

通過導航欄的ceRNA-network菜單，可以查看ceRNA網絡信息，分成了以下3種類型

1. mRNA-ceRNA

2. lncRNA-ceRNA

3. pseudogene-ceRNA

   
   

對于每個ceRNA關系對，利用超幾何分布計算p值，公式如下

N代表ceRNA網絡中的miRNA總數，K代表該基因結合的miRNA個數，n代表構成ceRNA關系的另外一個基因結合的miRNA個數，c代表兩個基因共同結合的miRNA個數，v2版本的數據庫可以查看具體的miRNA個數信息，示意如下

ceRNA檢索的結果示意如下

5. RBP-RNA

和miRNA target類似，通過GEO數據庫下載RNA結合蛋白RBP CLIP-seq測序結果，進行peak calling分析得到結合位點信息,同時采用homer軟件分析結合位點的motif，并根據靶基因提供了COSMIC數據庫的疾病注釋信息,對應以下三個導航欄的菜單

1. RBP-target

2. RBP-motfi

3. RBP-disease

   
   

結果示意如下

除了以上5種基本信息外，還提供了以下兩種分析

1. pathway

對靶基因進行kegg富集分析，通過導航欄的pathway菜單，可以查看以下4種類型的富集分析結果

1. mirTarPathway

2. rbpTarPathway

3. rnaTarPathway

4. ceRnaPathway

   
   

檢索結果示意如下

2. Pan-Cancer

利用TCGA中32種癌癥類型對應的轉錄組數據，進行了pan-cancer分析，從檢索結果中的pan-cancer列可以查看詳細信息，示意如下

提供了兩個基因的共表達分析結果，提供了散點圖和箱線圖兩種展示形式，如下所示

通過starbase數據庫，可以查詢各種RNA分子間的互作信息以ceRNA調控網絡信息。

到此，關于“ceRNA數據庫的簡單介紹”的學習就結束了，希望能夠解決大家的疑惑。理論與實踐的搭配能更好的幫助大家學習，快去試試吧！若想繼續學習更多相關知識，請繼續關注億速云網站，小編會繼續努力為大家帶來更多實用的文章！