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這篇文章給大家分享的是有關haploview如何繪制曼哈頓圖的內容。小編覺得挺實用的，因此分享給大家做個參考，一起跟隨小編過來看看吧。
對于GWAS分析的結果，最常見的可視化手段就是曼哈頓圖了。一個典型的曼哈頓圖示例如下
圖中的每個點代表一個SNP位點，橫坐標是SNP位點在染色體上的位置，縱坐標是關聯分析計算出的p值。為了美觀，不同染色體上的SNP位點用不同顏色標識。縱軸上的虛線代表閾值，p值越小，對應到縱軸的值越大。通常在閾值上方的SNP位點認為是和疾病或者形狀相關聯的位點。
曼哈頓圖本質上就是一個散點圖，繪制方法比較簡單，有很多的R包可以直接出圖，本篇主要介紹haploview軟件。 這個軟件可以直接讀取plink關聯分析的結果，然后繪制曼哈頓圖。
在之前介紹了plink關聯分析的方法，根據輸入的hapmap1.ped和hapmap1.map兩個文件，最終可以得到一個allel水平的關聯分析結果，文件名為as1.assoc。haploview需要讀取hapmap1.map和as1.assoc兩個文件。
啟動haploview之后，選擇PLINK Format選項，Results File 選擇關聯分析的結果文件，可以是allel關聯分析的后綴為.assoc的文件，也可以是包含了genotype關聯分析的后綴為.model的文件；Map file 選擇后綴為.map的文件，當然也可以選擇后綴為.bim的二進制的map文件，選擇好之后，點擊OK即可。
導入成功之后，可以看到如下所示的表格，這個表格里就是導入的關聯分析的結果。紅色方框標識的區域可以對關聯分析的結果進行篩選，可以通過Chr, Start Kb, End kb對染色體區域進行篩選，也可以通過Filter對符合要求的SNP位點進行篩選。
篩選好之后，點擊Plot按鈕，設置繪圖的參數。X軸肯定是Chromosomes, Y軸通常選擇P值，如果你有進行多重假設檢驗的校正，也可以選擇校正之后的P值。scale表示對y軸的值進行處理，有一下3種處理
untransformed
-log10
ln
一般情況下選擇-log10。Export to SVG可以導出圖片，格式為svg。
設置好之后，點擊OK就可以出圖了。示例如下
由于測試數據的SNP位點比較少，最后的效果圖并不是特別美觀。
感謝各位的閱讀！關于“haploview如何繪制曼哈頓圖”這篇文章就分享到這里了，希望以上內容可以對大家有一定的幫助，讓大家可以學到更多知識，如果覺得文章不錯，可以把它分享出去讓更多的人看到吧！
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