circos中heatmap有什么用

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heatmap將一系列的數值映射到一個顏色梯度中，是最常用的圖表之一。在circos中，通過plot這個block進行設置。

用法如下：

heatmap的數據和scatter plot, histogram是一樣的，最少有4列內容。前3列定義染色體上的區域，第4列指定每個區域的value值，其他列可以是配置文件中的屬性，示例如下

heatmap中color屬性比較特殊，在熱圖中，需要的是一個顏色梯度，將不同的value映射到這個顏色梯度中。所以這里的color對應的是一個list, 有兩種設置方式

1. 采用內置的list

在etc目錄下，有很多內置的顏色配置，其中就有很多內置的顏色梯度， 示例如下

etc/colors,brewer.conf

blues-3-seq和blues-3-seq-rev就是兩個顏色提取的名字，對應有3種顏色

• blues-3-seq-1

• blues-3-seq-2

• blues-3-seq-3

配置文件的寫法如下

還可以將多個顏色梯度結合起來使用

2. 采用自定義的顏色

寫法如下

在熱圖中，最重要的是理解value和color之間的對應關系。在heatmap中，共有兩種映射關系

1.線性映射

默認情況下，value和color之間就是線性映射關系。color 的值是一個list, 對于每個value, 通過計算對應的下標color_index,就可以得到具體的顏色。

下標的計算公式如下：

從公式可以看出，二者之間是一個線性映射關系。當我們沒有在配置文件中指定max和min的值時，circos會自動根據file文件的第4列計算這兩個值。當然，我們也可以手動在配置文件中指定。

當我們指定的min和max與數據不符合, 比如數據的范圍是[2, 6], 配置文件中指定的是[1,5], 通過以上公式計算時，會出現下標越界的情況，此時，對于小于min的值，其顏色定義為list中的第一個顏色值；對于大于max的值，其顏色定義為list中的最后一個顏色值。

具體的是通過color_mapping參數控制線性映射的屬性，共有3種取值

1. color_mapping = 0

2. color_mapping = 1

3. color_mapping = 2

默認情況下，color_mapping = 0。color_mapping的值設置的是一個偏移量，對于color設置的n種顏色，每種顏色均分成兩份，從0開始計數，00..nn。color_mapping = 1 時，向后偏移一位，變成011..nn; color_mapping = 2時，向后偏移兩位，變成112233

反應到顏色上，具體的示意圖如下：

2. 非線性映射

在配置文件中添加下面的參數，開啟log映射

當數據分布不均勻時，采用log映射更加合適。

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