使用R語言vegan包里的varespec數據集

首先加載vegan這個包

library(vegan)

然后通過data()函數來獲得這個數據

data("varespec")

這個數據集是24行44列，每行是一個樣地，每列是樣地里的植物種類。數值具體代表什么我還沒有看明白，現在的理解就是度量這種植物在這個樣地豐富度的一個標準吧。

• 首先是將數據集賦值給新的變量，并以site1-24對新的數據集的行進行命名

df<-varespec
rownames(df)<-paste0("site",1:24)

• 計算距離

bray_dist<-vegdist(df,method = "bray")

• 使用ape這個包中的pcoa()函數做PCoA分析

library(ape)
df.pcoa<-pcoa(bray_dist,correction = "cailliez")

df.pcoa$vectors能夠獲得用于畫圖的數據

 

df.pcoa$values可以獲得坐標軸上顯示的百分比

 

df.plot<-data.frame(df.pcoa$vectors)
head(df.plot)
library(ggplot2)
x_label<-round(df.pcoa$values$Rel_corr_eig[1]*100,2)
y_label<-round(df.pcoa$values$Rel_corr_eig[2]*100,2)
x_label
y_label
ggplot(data=df.plot,aes(x=Axis.1,y=Axis.2))+
  geom_point()+
  theme_bw()+
  theme(panel.grid = element_blank())+
  geom_vline(xintercept = 0,lty="dashed")+
  geom_hline(yintercept = 0,lty="dashed")+
  labs(x=paste0("PCoA1 ",x_label,"%"),
       y=paste0("PCoA2 ",y_label,"%"))

 

通過上圖我們可以看到這些樣地大體上可以分為兩組，如果自己手頭有樣地的分組數據就可以看看這個結果是不是和自己的分組數據一致。

下面人為的給他分個組，然后添加一個表示分組的橢圓

df.plot$group<-ifelse(df.plot$Axis.1<0,"AAA","BBB")
ggplot(data=df.plot,aes(x=Axis.1,y=Axis.2,
                        color=group,shape=group))+
  geom_point(size=5)+
  theme_bw()+
  theme(panel.grid = element_blank())+
  geom_vline(xintercept = 0,lty="dashed")+
  geom_hline(yintercept = 0,lty="dashed")+
  labs(x=paste0("PCoA1 ",x_label,"%"),
       y=paste0("PCoA2 ",y_label,"%"))+
  stat_ellipse(data=df.plot,
               geom = "polygon",
               aes(fill=group),
               alpha=0.3)+
  scale_fill_manual(values = c("#e31a1c","#1f78b4"))