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R語言的ggplot2做共線性結果可視化

發布時間:2021-07-10 11:38:25 來源:億速云 閱讀:1033 作者:chen 欄目:大數據

本篇內容主要講解“R語言的ggplot2做共線性結果可視化”,感興趣的朋友不妨來看看。本文介紹的方法操作簡單快捷,實用性強。下面就讓小編來帶大家學習“R語言的ggplot2做共線性結果可視化”吧!

今天有人問到了下面這幅圖應該如何實現,自己還真沒有思路

R語言的ggplot2做共線性結果可視化  
image.png

去找了找 ggplot2 做弦圖(chord  plot)的資料,沒有找到。猜測這個圖可能是借助 circlize 包 實現的,比如這個鏈接里的代碼 https://www.r-graph-gallery.com/122-a-circular-plot-with-the-circlize-package.html 最終的效果是

R語言的ggplot2做共線性結果可視化  
image.png

這個圖的外面兩圈和推文開頭的就有點像了。circlize這個R包還得好好學一下

找資料的時候發現了另外一個比較有用的函數,是ggforce 這個包里的 geom_diagonal_wide() 函數 ,感覺如果用來展示共線性分析的結果非常合適,它最終的效果是

R語言的ggplot2做共線性結果可視化  
image.png
 代碼
library(ggforce)
data <- data.frame(
  x = c(1, 2, 2, 1, 2, 3, 3, 2),
  y = c(1, 2, 3, 2, 3, 1, 2, 5),
  group = c(1, 1, 1, 1, 2, 2, 2, 2)
)

ggplot(data) +
  geom_diagonal_wide(aes(x, y, group = group),
                     color="red",
                     fill="green",
                     alpha=0.2)+
  theme_bw()+
  theme(panel.grid = element_blank())
 
R語言的ggplot2做共線性結果可視化  
image.png
 畫兩個矩形當做染色體
df1 <- data.frame(
  x = c(1,156123,156123,1,1,156342,156342,1),
  y = c(5.8,5.8,6,6,1,1,1.2,1.2),
  group = c(rep("Chr01",4),rep("Chr02",4))
)
df1

ggplot() +
  geom_diagonal_wide(data=df1,
                     aes(x, y, group = group,fill=group),
                     alpha=0.5,color="black")+
  theme_bw()+
  theme(panel.grid = element_blank())
 
R語言的ggplot2做共線性結果可視化  
image.png
 如果有一個共線性區域的話
df1 <- data.frame(
  x = c(1,156123,156123,1,1,156342,156342,1),
  y = c(5.8,5.8,6,6,1,1,1.2,1.2),
  group = c(rep("Chr01",4),rep("Chr02",4))
)
df1

df2 <- data.frame(
  x = c(1000,11000,5000,90000),
  y = c(5.8,5.8,1.2,1.2),
  group = "A"
)
ggplot() +
  geom_diagonal_wide(data=df1,
                     aes(x, y, group = group,fill=group),
                     alpha=0.5,color="black")+
  geom_diagonal_wide(data=df2,
                     aes(x, y, group = group),
                     alpha=0.2,color="black",
                     fill="blue")+
  theme_minimal()+
  theme(panel.grid = element_blank(),
        axis.title = element_blank(),
        axis.text = element_blank())
 
R語言的ggplot2做共線性結果可視化  
image.png


到此,相信大家對“R語言的ggplot2做共線性結果可視化”有了更深的了解,不妨來實際操作一番吧!這里是億速云網站,更多相關內容可以進入相關頻道進行查詢,關注我們,繼續學習!

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