在Linux系統中，可以使用cp命令來復制文件夾并覆蓋已存在的目標文件夾。使用以下命令：
cp -r /path/to/source /path/to/destination
其中，-r選項表示遞歸地復制整個文件夾及其內容。如果目標文件夾已存在，cp命令將覆蓋該目標文件夾及其內容。如果要強制覆蓋目標文件夾而不提示用戶確認，可以添加-f選項：
cp -rf /path/to/source /path/to/destination
請注意，在使用cp命令來覆蓋目標文件夾之前，請確保你了解自己正在做什么，因為覆蓋操作將不可逆。
