在Java中，可以使用加密算法來對文件進行加密和解密。常用的加密算法包括對稱加密算法和非對稱加密算法。

對稱加密算法：使用相同的密鑰對文件進行加密和解密。常用的對稱加密算法包括AES和DES。以下是一個使用AES算法對文件進行加密和解密的示例代碼：

import javax.crypto.Cipher;
import javax.crypto.spec.SecretKeySpec;
import java.io.*;
import java.nio.file.Files;
import java.nio.file.Paths;

public class FileEncryption {

    public static void encryptFile(String inputFilePath, String outputFilePath, String key) throws Exception {
        byte[] keyBytes = key.getBytes();
        SecretKeySpec secretKey = new SecretKeySpec(keyBytes, "AES");

        Cipher cipher = Cipher.getInstance("AES");
        cipher.init(Cipher.ENCRYPT_MODE, secretKey);

        byte[] inputFileBytes = Files.readAllBytes(Paths.get(inputFilePath));
        byte[] encryptedBytes = cipher.doFinal(inputFileBytes);

        FileOutputStream outputStream = new FileOutputStream(outputFilePath);
        outputStream.write(encryptedBytes);
        outputStream.close();
    }

    public static void decryptFile(String inputFilePath, String outputFilePath, String key) throws Exception {
        byte[] keyBytes = key.getBytes();
        SecretKeySpec secretKey = new SecretKeySpec(keyBytes, "AES");

        Cipher cipher = Cipher.getInstance("AES");
        cipher.init(Cipher.DECRYPT_MODE, secretKey);

        byte[] inputFileBytes = Files.readAllBytes(Paths.get(inputFilePath));
        byte[] decryptedBytes = cipher.doFinal(inputFileBytes);

        FileOutputStream outputStream = new FileOutputStream(outputFilePath);
        outputStream.write(decryptedBytes);
        outputStream.close();
    }

    public static void main(String[] args) {
        String inputFilePath = "input.txt";
        String outputFilePath = "output.txt";
        String key = "secretKey";

        try {
            encryptFile(inputFilePath, outputFilePath, key);
            decryptFile(outputFilePath, "decrypted.txt", key);
        } catch (Exception e) {
            e.printStackTrace();
        }
    }
}

以上示例代碼使用AES算法對文件進行加密和解密，其中secretKey是用于加密和解密的密鑰。可以根據需要調整密鑰長度和加密算法。

除了對稱加密算法，還可以使用非對稱加密算法如RSA來對文件進行加密和解密。非對稱加密算法需要一對公鑰和私鑰，公鑰用于加密數據，私鑰用于解密數據。