要處理JDBC事務超時，可以采取以下方法：

1. 增加事務超時時間：可以在創建事務時設置一個較長的超時時間，以確保事務有足夠的時間完成。可以使用setTransactionTimeout方法來設置事務的超時時間。例如：

Connection conn = dataSource.getConnection();
conn.setAutoCommit(false);
// 設置超時時間為60秒
conn.setTransactionTimeout(60);

2. 優化事務操作：如果事務中的操作涉及到大量的數據庫操作或者復雜的計算，可以嘗試優化這些操作，減少事務的執行時間，從而避免超時。可以考慮使用批量操作、合并多個操操作等方式來優化事務操作。

3. 捕獲并處理超時異常：如果事務超時發生，可以捕獲并處理超時異常，例如可以進行事務回滾、記錄日志等操作。可以使用try-catch塊來捕獲事務超時異常，并在catch塊中進行相應的處理。

4. 調整數據庫配置：如果事務經常超時，可以考慮調整數據庫的相關配置，例如增加數據庫連接池的最大連接數、增加數據庫的最大活動事務數等。

5. 事務重試：如果事務超時發生后，可以進行事務重試，重新執行事務操作，直到事務成功提交或達到最大重試次數。可以使用循環來實現事務重試，例如：

int maxRetries = 3;
int retries = 0;
boolean success = false;
while (!success && retries < maxRetries) {
    try {
        // 執行事務操作
        // ...
        conn.commit();
        success = true;
    } catch (SQLException e) {
        if (e.getSQLState().equals("40XL1")) {
            // 事務超時，進行重試
            retries++;
        } else {
            // 其他異常，進行回滾
            conn.rollback();
            throw e;
        }
    }
}
if (!success) {
    // 最大重試次數達到，進行回滾或其他處理
}

以上是一些處理JDBC事務超時的方法，具體的處理方式可以根據實際情況進行調整和優化。