在PHP中，使用include處理文件依賴時，可以通過以下方法來組織和管理代碼：

1. 使用相對路徑：在include語句中使用相對路徑來引用其他文件。這樣可以確保即使文件結構發生變化，代碼仍然可以正確地包含所需的依賴項。例如：

include 'includes/header.php';
include 'includes/content.php';
include 'includes/footer.php';

2. 使用命名空間：通過使用命名空間，可以避免不同文件之間的命名沖突。在PHP 5.3及更高版本中，可以使用namespace關鍵字定義命名空間。例如：

// header.php
namespace MyApp\Headers;

class Header {
    public function display() {
        echo "Header";
    }
}

// content.php
namespace MyApp\Contents;

class Content {
    public function display() {
        echo "Content";
    }
}

// footer.php
namespace MyApp\Footers;

class Footer {
    public function display() {
        echo "Footer";
    }
}

// index.php
include 'header.php';
$header = new Header();
$header->display();

include 'content.php';
$content = new Content();
$content->display();

include 'footer.php';
$footer = new Footer();
$footer->display();

3. 使用自動加載機制：PHP提供了自動加載機制，可以根據需要自動加載類文件。這可以簡化代碼并避免手動包含每個文件。要實現自動加載，可以使用spl_autoload_register函數注冊一個自定義的自動加載函數。例如：

function my_autoloader($class) {
    include_once 'classes/' . $class . '.php';
}

spl_autoload_register('my_autoloader');

// 現在，當使用尚未定義的類時，將自動調用my_autoloader函數
$obj = new MyClass();

通過這些方法，可以更有效地處理文件依賴關系，使代碼更加模塊化和易于維護。