1.MySQL是關系數據庫管理系統，是一個輕量型且開源、免費的數據庫，適合個人網站及一些小企業的網站應用；而DB2是超大型數據庫管理系統，與ORACLE類似，數據倉庫和數據挖掘相當的不錯，特別是集群技術可以使DB2的可擴性能達到極致。
2.MySQL默認使用大小寫敏感的數據庫名、表名和列名；而DB2數據庫對大小寫不敏感。
3.MySQL使用MVCC模型實現鎖的并發控制，DB2使用內存模型實現了鎖的并發控制，在并發處理、處理資源沖突上講，MySQL的并發處理能力、鎖沖突的方式上要優于DB2。
4.MySQL在集群方面也有非常多的解決方案，如Cobar、Atlas、Fabric、Amoeba、TDDL、Mycat而且可以進行定制或者進行二次開發，可根據業務需求進行靈活擴展；DB2在這方面目前只有PureScale一種解決方案，靈活性較差。
5.MySQL對復雜SQL支持較弱，在運行時可能會存在性能問題；DB2支持各種復雜SQL，多種jion方式。
