機架式服務器的缺點有：1、成本投入高，機架式服務器需要更多的降溫設備，會增加成本投入；2、能耗高，機架式服務器運行時會增加電能的消耗；3、可擴展性受限制，機架式服務器可擴展性受內部空間限制，如1U服務器只有一個或兩個PCI擴展插槽。
具體內容如下：
1、成本投入高
機架式服務器垂直安裝在服務器機架中，大量機器運行導致了熱能升高，這就勢必導致需要更多的降溫設備，增加了成本投入。
2、能耗高
每臺服務器都是獨立的個體，運行時會增加電能的消耗。這也就導致了機房不能超出額定的服務器使用臺數，否則會導致電能供力不足情況發生。
3、可擴展性受限制
可擴展性受到機架式服務器內部空間限制的限制。例如，大多數1U服務器只有一個或兩個PCI擴展插槽。
