清理虛擬主機數據庫可以通過以下步驟進行：
備份數據庫：在清理之前，務必先備份數據庫，以防意外操作導致數據丟失。
刪除無用數據：檢查數據庫中是否有無用的數據，如過期的日志、臨時文件等，并進行刪除操作。可以使用SQL語句或數據庫管理工具進行刪除。
優化表結構：使用數據庫管理工具對表結構進行優化，可以使用OPTIMIZE TABLE命令來優化表，以提高數據庫性能和減少空間占用。
清理日志文件：清理數據庫的日志文件，可以通過備份日志、刪除過期日志等方式進行清理。具體操作可以參考數據庫管理工具的文檔或官方指南。
壓縮數據庫：對數據庫進行壓縮操作，可以通過壓縮工具或數據庫管理工具進行，以減少數據庫文件占用的空間。
以上是一般的虛擬主機數據庫清理步驟，具體操作要根據所使用的數據庫管理工具和數據庫類型進行調整。在進行任何數據庫清理操作之前，務必先備份數據庫，以防數據丟失。
